C. japanensis có phạm vi phân bố khá rộng ở Tây Thái Bình Dương. Từ quần đảo Trường Sa (Việt Nam), phạm vi của loài này mở rộng đến hầu hết khu vực Tam giác San Hô; ngược lên phía bắc đến quần đảo Ryukyu (Nhật Bản) và đảo Đài Loan; trải dài đến rạn san hô Great Barrier và các rạn san hô vòng trên biển San Hô ở phía nam; về phía đông đến quần đảo Mariana, Palau, Liên bang Micronesia, quần đảo Marshall, Vanuatu, Fiji, Tonga và quần đảo Samoa[1].

C. japanensis sống gần các rạn san hô viền bờ và rạn san hô trong các đầm phá ở độ sâu đến ít nhất là 20 m[1].